Genomik sumber daya untuk flatfish komersial, ikan Lidah Senegal (Solea senegalensis): urutan EST, desain oligo microarray, dan pengembangan  program bioinformatika Soleamold

Ikan Lidah Senegal, Solea senegalensis adalah ikan berekonomis penting pada budi budaya yang intensif dan telah meningkat selama beberapa dekade terakhir, terutama di Eropa Selatan. Namun, karena kurangnya pengetahuan tentang mekanisme fisiologis dan genetik yang terlibat, pengembangan akuakultur terganggu oleh kurangnya metode untuk mengontrol reproduksi di penangkaran dan peningkatkan pertumbuhan larva dan ketahanan terhadap penyakit. Proses fisiologis dan evolusi mempengaruhi reproduksi dan perkembangan larva dan kelangsungan hidup ikan Lidah di Atlantik, lingkungan alam dan budidaya. 

Proyek ini telah mengembangkan alat riset genomik dan proteomika untuk membantu mencapai tujuan ini. Di sini dilaporkan pembentukan dari database EST untuk ikan Lidah Senegal yang mengandung 5.208 urutan cDNA, dan konstruksi dan validasi dari oligo microarray berbasis deteksi diduga dari 5.087 transkrip dari spesies ini. Selain itu, sebuah program interaktif bioinformatika yang disebut Soleamold, dikembangkan untuk mengakomodasi database EST dan hasil dari microarray dan eksperimen hibridisasi in-situ (ISH) yang disajikan. Saat ini, program ini hanya berisi data gonad ikan Lidah Senegal. Pengembangan tapi bisa diperpanjang untuk masa depan dari data jaringan dan organ yang lainnya, serta dari flatfish lain. Untuk menjadi alat yang berguna bagi penelitian genom flatfish.

Kesimpulannya, sumber daya genomik baru telah dikembangkan untuk ikan Lidah Senegal (S. Senegalensis), untuk ikan berekonomi penting dalam budidaya, yang meliputi  gen, oligonukleotida microarray, dan progam bioinformatika publik yang tersedia dapat digunakan untuk mempelajari gen ekspresi dalam spesies ini. Sumber daya ini akan membantu pembudidaya menjelaskan regulasi transkripsi maupun deskripsi ikan Lidah Senegal (S. Senegalensis) untuk optimasi produksi pada budidaya secara intensif.

Sumber Jurnal Artikel: http://www.springerlink.com/content/374826336670h735/